Può anche ottenere questo errore se lo script esegue query MySQL pesanti.
Per prima cosa dovreste controllare che il database sia ottimizzato e abbia gli indici necessari.
Dovreste contattare gli sviluppatore dello script e chiedere assistenza.
Può anche cercare su Google questo errore:
http://www.google.com/search?q=MySQL+server+has+gone+away
